Cái tên "Nguyễn Kỳ Viên" chính là sự phát hiện, là quà tặng của một khách văn chương nhân chuyến đến thăm quan Đốc học Nguyễn Kỳ Đồng. Quá cảm kích và tâm đắc với quà tặng của bạn, quan Đốc học lưu bạn ở lại để lưu bút rồi sứa một cái lễ trình với tiên tổ, gọi thợ cho xây lại cổng lớn, đắp nổi ba chữ đại "Nguyễn Kỳ Viên" của khách văn lên.
Cũng nhân việc xin chữ, quan Đốc học lại được bạn khách văn viết cho ba chữ lớn "Dương Nhất Chân", sau thuê thợ mộc làng Chuồn khảm trai treo trang trọng trước ban thờ tổ Những người biết chữ nho đều đọc được, nhưng ít người hiểu được nghĩa ba chữ đại này. Người khách văn giảng giải: Đây là ý lấy trong hai câu thơ của Đại danh y Hải Thượng Lãn ông viết trên đường thượng Kinh chữa bệnh cho chúa Trịnh Sâm và thế tử Trịnh Cán: độn thế tòng y dưỡng nhất chân. Bất tri vi phú khơi tri bần" (Trốn đời theo nghề thuốc để giữ cái mộc mạc của mình. Không biết làm giàu há có biết chi cái sự nghèo). Ba chữ đại này còn có ý nói chi họ Nguyễn Kỳ sẽ có người theo nghề y, việc này quả ứng ngay với con cụ Đồ Kha, tức là ông Cử Phúc. Sau này, có nhà nghiên cứu thư pháp, đối chiếu mẫu tự, cho rằng người khách văn đó chính là cụ Tam nguyên Yên Đổ. Nhà thơ Nguyễn Khuyến là bạn của ông Nghè Dương Khuê, người làng Phương Đình. Ông Nghè Phương Đình lại là chỗ thông gia bạn hữu với quan Đốc học Nguyễn Kỳ Đồng. Văn chương kim cổ nhi huynh đệ, chính là vậy.
Sau vụ cụ Đồ Kha bị Tây bắt đi tù vì bị nghi một bài thơ cụ viết có tư tưởng chống đối nước mẹ Đại Pháp và nhất là sau trận ốm liệt giường cuối đời cụ đồ, kết quả của sáu tháng tù đày trong nhà lao thực dân, gia cảnh nhà ông Cử Phúc đã sa sút lắm rồi. Những thửa ruộng thượng đẳng điền ở gần làng và đàn trâu bò lần lượt bị bán đi để lo lót cửa quan, để chạy chữa thuốc thang cho cụ đồ, rồi lo tiền ăn học cho bốn cậu con trai. Sau ngày cậu cả Khôi, cậu hai Vỹ đi kháng chiến, thì tốn kém nhất lại là tiền ăn học của cậu ba Vọng. Từ lớp Đệ tứ, Vọng đã phải đi trọ học trên phủ Phương Đình. Đến khi lên Đệ nhị, Đệ nhất, Tú tài năm thứ nhất thì phải gửi ra học ngoài Hà Nội. Mỗi bồ chữ là một mẫu ruộng, một con trâu. Bà Cử Phúc suốt ngày đầu tắt mặt tối, cơm hẩm cà hưu, như cảnh bà Tú thành Nam của Tú Xương:
"Quanh năm buôn bán ở mom sông,
Nuôi đủ năm con với một chồng".
Cho tới đợt giảm tô, năm 1954, gia sản của ông bà Cử Phúc chỉ còn lại sáu mẫu, ba sào ruộng, hai con trâu, một con nghé và khu nhà thờ cổ kính có tuổi hơn trăm năm, cùng một Nguyễn Kỳ Viên u trầm thơ mộng.
Tuy cảnh nhà sa sút, nhưng ông Cử Phúc lại ngầm có sự mãn nguyện và kiêu ngạo của kẻ sĩ đắc chí. Là một đại biểu cuối cùng của nền nho học hủ lậu và yếm thế, ông Cử Phúc từng công khai thú nhận với bạn bè, đồng môn về sự bỏ đi, sự hèn nhát, bất lực trước thời cuộc của mình. Ông tự hào và kỳ vọng ở hai cậu con trai Nguyễn Kỳ Khôi, Nguyễn Kỳ Vỹ. Đó là sự kỳ vọng, sự gửi gắm, và cao hơn thế là sự dâng hiến của đời ông, gia tộc ông cho công cuộc kháng chiến, giải phóng dân tộc Rất nhiều đêm không ngủ, ông ngồi co ro trên chiếc sập gụ giữa nhà, uống trà, hút thuốc lào vặt, mắt nhìn sâu vào cõi xa xăm, tai lắng nghe tiếng ì ùng từ vùng núi Kim Bôi rất xa vọng lại. Và ông tưởng tượng ra cảnh hai thằng con trai ông đang xông pha chiến trận, đang theo bộ đội Cụ Hồ mở mặt trận Hoà Bình, Tây Bắc… Chiến thắng Điện Biên Phủ như chớp sáng chói loà, như hào quang rực rỡ, tưởng sẽ tràn ngập vĩnh cửu thế gian, tuôn tràn nhựa sống khắp làng Động, khắp Nguyễn Kỳ Viên của ông Cử Phúc, nào ngờ đất trời bỗng tối sầm lại khi cơn bão đen năm Ất Mùi, 1955, ập đến.
Hai người con trai tham gia kháng chiến cũng không cứu nổi ông bố bị quy là địa chủ cường hào, không giải thoát nổi ông khỏi cuộc đấu tố long trời lở đất của ông bà nông dân đang vùng lên tiêu diệt giai cấp bóc lột. Ông Cử Phúc già sọp như một lão tám mươi. Luồng hắc phong với xú khí nồng nặc và ám khí tử thần đã đập phá tan tành Nguyễn Kỳ Viên, cuốn bay hai sân hoa kiểng với nhiều loại kỳ hoa dị thảo hàng trăm năm tuổi, đập vỡ hết thảy những bình gốm sứ, nghê rồng từ thời Lý, Trần, từ thời Minh, Thanh, Trung Quốc. Lần lượt lầu Bát Toạ, cầu Kỳ Nguyệt bị giật đổ. Từ hoành phi câu đối cho tới bút tích của Tam Nguyên Yên Đổ, hàng trăm cuốn sách thuốc, sách chữ thánh hiền đều bị đốt trụi, bị quăng xuống hồ, lẫn với tre xoan bị chặt hạ, lẫn với ván thôi, xác chuột và phân người. Cái sân gạch rộng mênh mông như sân đình bị cuốc lên, chia nhó từng mảnh cho các ông bà nông dân trồng khoai, trồng cà. Sáu hộ bần cố nông chia nhau quả thực, chiếm giữ hai dãy nhà tả hữu vu, nhà ngang, và cả ngôi nhà thờ Gạch ở sân được dùng để xây những bức tường ngăn giữa các hộ, như những lô cốt cố thủ, rồi xây thêm sáu khu bếp, chuồng lợn, chuồng trâu. Riêng chuyện đi ỉa thì mạnh ai người nấy phóng ra vườn, sau những bụi chuối và các đống rơn rạ, hoặc phóng thẳng xuống cái hồ nay đã thành một mảnh ao tù.
Hơn bốn mươi năm trôi qua. Nguyễn Kỳ từ đường, Nguyễn Kỳ Viên tưởng mãi mãi phế tích, tưởng sẽ dần bị huỷ hoại, bị xoá hẳn dấu tích trên thế gian. Nào ngờ, như trong huyền thoại, vào giữa năm 1995 một dự án lớn phục chế và tôn tạo Nguyễn Kỳ Viên đã được hình thành. Để chuẩn bị cho công trình thế kỷ này, ngay từ năm 1985, giai đoạn một của dự án đã hoàn tất. Khuôn viên bẩy nghìn mét vuông của Nguyễn Kỳ Viên đã được chuộc lại hoàn toàn. Sáu hộ ngày cải cách ruộng đất giờ đã sinh sôi thành mười tám gia đình vợ chồng con cái, tạo thành một tụ điểm chật chội và đầy tệ nạn cờ bạc, hút sách, trộm cắp… Nhưng rồi vợ chồng ông Cục cũng giải quyết êm gọn. Tiền nhiều là xong béng. Bẩy hộ ẵm tiền vào Lâm Đồng, Sông Bé lập khu kinh tế mới, mua đất trồng cà phê, cao su. Ba hộ kéo nhau ra Hà Nội bán phở, làm cốp pha. Những hộ còn lại ra khu dàn dân đầu làng mở quán karaokê, bia hơi, bơm sửa xe máy, xe đạp.
Công cuộc xây dựng lại toàn bộ Nguyễn Kỳ Viên dự kiến sẽ kéo dài trong hai năm, do ông Nguyễn Kỳ Quặc cùng con trai Nguyễn Kỳ Tác, con rể Đinh Mạn, được giao quản lý thi công. Đích thân ông Cục đã chầu chực hàng tuần lễ, mời bằng được thầy Cao, một thầy phong thuỷ và tướng số giỏi nhất vùng về tính toán giúp. Bản vẽ thiết kế toàn cảnh và thiết kế chi tiết đặt hàng Viện Quy hoạch và Kiến trúc thực hiện. Đúng như lời dặn của Cụ Hồ: "Còn non còn nước còn người. Thắng giặc Mỹ ta sẽ xây dựng hơn mum ngày nay". Nguyễn Kỳ Viên sẽ to đẹp gấp mười lần ngày xưa.
Hãy xem bản vẽ tổng thể do kiến trúc sư vừa tốt nghiệp loại ưu Nguyễn Kỳ Tác, con trai út ông Cục phác thảo, để mường tượng ra một Nguyễn Kỳ Viên của ngày mai: Bắt đầu từ ngoài con đường rẽ cuối làng vào là chiếc cổng lớn có hàng đại tự chữ Hán kèm chữ Quốc ngữ: Nguyễn Kỳ Viên Nguyễn Kỳ Từ Đường" với bốn hàng trụ biểu, chia thành cổng lớn và hai cồng phụ, hai trụ chính cao tới hơn mười mét, như hai ngôn tháp. Tiếp đến là chiếc hồ lớn được tạo dáng và kè bờ bằng đá hộc miết mạch xung quanh như những ho bơi của các khu resort hay các khách sạn quốc tế năm sao. Giữa hồ là đảo Ngọc, lầu bát giác, được nối bởi Nguyệt Kiều điệu đàng như một cầu cổ trong Tử Cấm thành của Bắc Kinh. Chiếc sân chầu ngày xưa nay sẽ mở rộng hơn và được lát bằng thứ gạch bát Giếng Đáy đỏ au. Quan trọng nhất, vĩ đại nhất, không thua kém gì nhà Thái Học ở Văn Miếu Quốc Tử Giám là ngôi từ đường chi họ Nguyễn Kỳ.
Năm gian nhà phỏng theo kiểu cổ, đầu đao cong vút. Xi măng sắt thép toàn loại thượng hạng, ngói mũi hài Hương Canh, gạch xây, gạch ốp lát Giếng Đáy, đồ gốm sứ Bát Tràng. Riêng phần gỗ, thì đừng đùa với thợ xẻ làng Động, toàn chủng loại sưa, trắc, lim, lát, vàng tâm… Độc đáo nhất là những bức chạm trổ đầu hồi, những bình phong, trụ, xà đều bằng loại gỗ sưa có màu đỏ thẫm và hương thơm đặc biệt, giá được tính như gỗ trầm, vài trăm nghìn đồng một kilôgam, thứ đến là hàng cột cái hai mươi tư chiếc, toàn một thứ gỗ lim lõi đặc chở từ những cánh rừng Thượng Lào về, trong đó mười hai chiếc cột giữa, mỗi cột cao tới bẩy mét, đường kính khoát ba mươi phân, không thua kém gl những cột đình được xếp hạng di tích.
Phần diện tích tuy nhỏ nhưng được đầu tư nhiều công sức, tiền bạc là phần hậu cung chuôi vồ ở gian chính giữa nhà thờ. Gian hậu cũng được xây cao vượt lên, kiến trúc theo lối nhà chồng diêm tám mái, có lan can, cửa kính lùa chạy xung quanh. Đây là điện thờ, với những khán thờ cổ xưa, những báu vật của chi họ, như gia phả, sắc phong, mũ mãng, triều phục, ấn kiếm, tàng thư…
Trong những thứ gia bảo được thờ ở ngôi từ đường mới, sẽ có một linh vật đặc biệt do chính ông Cục lưu giữ còn hơn con ngươi của mắt mình. Rồi tự tay ông sẽ bí mật đặt linh vật này vào trong hộp đựng sắc phong của chi họ.
Đó là một sợi dây thừng, tím đen những vết máu, đầu dây lòn thít chặt một ngón chân cái đã thâm xỉn, như một mẩu gỗ lim.