Gia phả họ Nguyễn ở làng Động ghi lại rằng, tổ họ chính là người họ Lý, tên huý là Lý Kỳ Phong, quê gốc ở làng Đình Bảng, xứ Kinh Bắc. Sách Đại Việt sử ký toàn thư chép: "Năm Nhâm Thìn, Kiến Trung thứ tám, 1232, vì Nguyên tổ tên huý là Lý (Trẩn Lý), nhà Trần cho đổi triều Lý thành triều Nguyễn, vả lại cũng để dứt bỏ lòng mong nhớ của dân chúng đối với nhà Lý. Cũng mùa đông năm ấy, nhân người họ Lý làm lễ tế các vua Lý ở Thái Đường, Hoa Lârn, Thủ Độ ngầm đào hố sâu, làm nhà lên trên, đời khi mọi người uống rượu say, giật máy chôn sống hết". Bấy giờ tổ họ Nguyễn là người nội tộc, đầu quân dưới trướng Hoàng tử Lý Long Tường con vua Lý Anh tông, đồn trú ở trấn Vân Đồn ngoài biển Đông Hải. Có tin mật báo từ kinh đô Thăng Long về âm mưu thâm độc của Trần Thủ Độ, Hoàng tử Lý Long Tường bèn bí mật tổ chức cuộc vượt biển, đưa vợ con gia đình rời bỏ đất Đại Việt. Lý Kỳ Phong được giao một nhiệm vụ đặc biệt: Thu mua hàng trăm con chó đóng cũi nhốt sẵn dưới chiến thuyền. Đây là thực phẩm trữ sẵn dành cho chuyến vượt biển dài ngày đầy hiểm nguy gian khổ. Lý Kỳ Phong đã hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ Ngài gom được hơn năm trăm con chó tơ, chở ra Vân Đồn.
Nhưng rồi đến ngày Hoàng tử Lý Long Tường cùng gia tộc, bộ hạ dong buồm ngược hướng đông bắc nhằm nước Cao Ly khởi hành thì Lý Kỳ Phong phải ở lại vì vợ ngài trở dạ đẻ, tính mạng thập tử nhất sinh. Sau đó ngài tìm đường đưa vợ về làng Động quê ngoại đổi họ Lý thành họ Nguyễn để tránh cái hoạ tuyệt diệt.
Gia phả viết rằng kể từ thượng tổ Lý Kỳ Phong, làng Động khai sinh dòng Nguyễn Lý. Cho tới thời Mạc - Sùng Khang năm thứ 13, Mậu Dần, 1578, dòng Nguyễn Lý làng Động tách ra một chi họ Nguyễn Kỳ. Số là, vào thời kỳ đó, có ông thầy tướng người Tàu được mời về tìm đất để đặt lại ngôi mộ tổ. Do đãi đằng công sá không chu tất, ông thầy Tàu giở mặt, bèn yểm một lá bùa và truyền rằng, từ đây, anh em, bố con họ Nguyễn làng Động sẽ ganh ghét, hiềm khích, thậm chí chém giết nhau. Quả nhiên, ngay sau đó, hai ông trưởng, thứ mỗi ông theo một phe, ông chi trưởng theo quân của Thường Quốc công Nguyễn Quyện giúp Mạc Mậu Hợp chống lại nhà Hậu Lê, ông chi thứ theo quân của Tiết chế Trịnh Tùng, phò Lê diệt Mạc. Và hai anh em họ Nguyễn làng Động đã giết nhau tại cửa ngõ thành Thăng Long trong trận tử chiến tết Nhâm Thìn 1592, trận đánh quyết định kết liễu triều đại nhà Mạc.
Kể từ cuộc huynh đệ tương tàn ấy cho đến đời ông Nguyễn Kỳ phúc đã mười bốn đời. Bố ông Nguyễn Kỳ Phúc là cụ đồ Nguyễn Kỳ Kha, bạn học với Hoàng giáp Nguyễn Thượng Hiền, người làng Bặt, từng tham gia phong trào Đông Kinh Nghĩa Thục. Ông Nguyễn Kỳ Phúc là con trai độc, được học hành chu đáo tham gia khoá thi nho học cuối cùng của triều Nguyễn năm 1919, đỗ Cử nhân, nhưng vì phải phụng dưỡng mẹ già, không ra làm quan, ở quê dạy học và bốc thuốc.
Khu từ đường chi họ Nguyễn Kỳ là tác phẩm nghệ thuật của quan Đốc học Nguyễn Kỳ Đồng, bố cụ Đồ Kha, ông nội ông Cử Phúc, xây dựng từ thời vua Tự Đức. Đây là một quần thể kiến trúc đậm tính Á Đông. Công trình chính, nhà thờ tổ, gồm năm gian chính điện có hậu cung hình chuôi vồ, được nối với nhà tiền tế bởi một nhà dọc, hai bên có hai giếng trời dùng làm sân hoa và dựng hòn non bộ. Nghe nói, làm công trình này, quan Đốc học đã nghiên cứu kiểu dáng Khiêm cung và Khiêm đăng do vua Tự Đức tự xây dựng cho mình ở kinh đô Huế, rồi mướn chính hiệp thợ làm Khiêm cung thi công.
Chính vì thế mà các bức chạm trổ, phù điêu ở nóc, đầu hồi, câu đầu quá giang… cho tới hoành phi câu đối đều rất tinh vi đầy tính nghệ thuật. Hai đầu hồi nhà tiền tế là hai nhà tả hữu vu, dãy làm nhà ở và thư phòng của chủ nhân, dãy làm lớp học và phòng khách. Tiếp sau đó là các dãy nhà ngang cho con sen người hầu, khu nhà kho, nhà bếp, góc xa nhất là chuồng trâu bò, lợn gà… Mênh mông như một sân vận động, lát toàn loại gạch Bát Tràng đỏ au là sân chầu, nơi diễn ra các hoạt động tế lễ và là nơi quan Đốc cùng bạn hữu chơi cờ người. Chính tại những cuộc đấu cờ người vô tiền khoáng hậu này mà nơi đây đã từng thu nhận nhiều tao nhân mặc khách. Cao thủ cờ khắp Bắc Trung Nam từng tìm đến tỉ thí. Văn nhân nghĩa hiệp mượn chén rượu cuộc cờ để tụ hội quần anh cũng nhiều. Nghe nói, bài thơ Đánh cờ người, nhại lại giọng điệu của bà chúa Thơ Nôm Hồ Xuân Hương, cũng được các văn nhân Bắc Hà "sáng tác" tại đây.
Chàng với thiếp đêm khuya trằn trọc,
Đốt đèn lên đánh cuộc cờ người…
Mới đầu vào chàng liền nhảy mã
Thiếp vội vàng vén phứa tịnh lên
Đôi xe hà chàng gác hai bên.
Sợ chiếu hết thiếp liền gánh sĩ.
Chàng thấy thiếp đang trong thế bí.
Liền vội vàng dủ dí tốt vô cung…
Sau bức đại bình phong đắp nổi bằng gốm sứ, là một hồ sen bán nguyệt, có cầu Nguyệt Kiều nối với đảo Ngọc, trên đảo có lầu Bát Toạ, nơi để câu cá, làm thơ và thưởng ngoạn. Cả một quần thể công trình kiến trúc văn hoá rộng tới hai mẫu Bắc Bộ, tương đương bẩy nghìn mét vuông, được xây tường gạch vồ bao quanh, vừa thâm nghiêm như chốn công đường, vừa ấm cúng êm đềm như một tĩnh viên rợp bóng cây xanh và rộn tiếng chim lạ.